En micro-entreprise, la comptabilité est allégée… mais pas inexistante. Entre factures conformes, livre des recettes, suivi du seuil de TVA et bascule progressive vers la facturation électronique, 2025–2026 seront deux années de mise en ordre. Voici un tour d’horizon clair et actionnable des obligations comptables auto-entrepreneur et des bonnes pratiques qui vous feront gagner du temps.
Si vous vendez à des pros ou travaillez avec des plateformes, anticipez la e-facture : Facturation électronique pour auto-entrepreneurs : ce qui change à partir de 2026.
1) Les fondamentaux de la comptabilité micro-entreprise
Des factures conformes et bien numérotées
Chaque vente doit donner lieu à une facture avec mentions obligatoires (coordonnées, SIREN/SIRET, n° de facture, date, libellé, quantités, prix, conditions de règlement, pénalités/indemnité forfaitaire, TVA le cas échéant, etc.). Une numérotation continue (sans “trous”) sécurise vos contrôles et vos exports.
Pour vérifier les champs à ne pas oublier côté e-facture : Facturation électronique 2026 : mentions obligatoires expliquées simplement.
Un livre des recettes à jour
Le livre des recettes recense tous vos encaissements (date, client, nature, montant, mode de paiement, référence de pièce). Il constitue la base de vos déclarations de chiffre d’affaires.
Un registre des achats (si activités concernées)
Si vous exercez une activité d’achat-revente, de fourniture de denrées à consommer sur place ou de prestations d’hébergement, tenez un registre des achats (date, fournisseur, nature, montant, référence). Cela facilite vos contrôles, vos marges et vos exports.
Conservation et organisation des pièces
Archivez vos factures émises, factures d’achats, notes de frais, devis signés, bons de commande/livraison, échanges utiles (litiges, avoirs). Classez-les par période et client/fournisseur pour éviter les pertes et doublons.
2) TVA : seuil, anticipation et bonnes pratiques
Même en micro-entreprise, la TVA peut vous concerner selon votre activité et vos seuils. Deux réflexes : suivre l’évolution de votre CA et anticiper la bascule si vous vous approchez du seuil.
- Vous vous rapprochez du seuil ? Lisez : TVA 25 000 € : comment anticiper quand vous approchez du seuil ? La TVA à 25k n'est plus d'actualité, mais les conseils le sont toujours !
- Sur l’évolution du calendrier : TVA à 25 000 € reportée à 2026 : ce qu’il faut savoir
Pratiquement, paramétrez votre outil de facturation pour appliquer les bons taux/mentions dès que nécessaire et éviter les erreurs de facturation.
3) Facturation électronique : ce que les auto-entrepreneurs doivent prévoir
À partir de 2026, la e-facture s’étend progressivement dans le B2B. Même en micro, vous devrez émettre/réceptionner des factures structurées avec statuts (reçue, acceptée, rejetée, mise en paiement) et archivage. Plus vous standardisez tôt votre processus, plus la transition sera simple.
Retrouvez le détail (formats, statuts, réception) ici : Facturation électronique pour auto-entrepreneurs : ce qui change à partir de 2026.
4) Bonnes pratiques d’organisation (qui font gagner des heures)
Standardisez vos libellés et vos familles d’articles
Libellés clairs, produits/services pré-enregistrés, règles de numérotation et conditions de règlement standard : vous limitez les erreurs et facilitez l’export comptable.
Reliez paiements et factures
Activez les statuts (envoyée, payée, en retard), gérez acompte/solde, tracez les avoirs. Un bon lettrage vous évite des régularisations lourdes.
Centralisez documents et commentaires
Joignez devis signés, bons de livraison, échanges clients directement à la facture. À la clôture, tout est là : zéro chasse aux pièces.
5) Quels outils pour rester simple et conforme ?
MY.Facturation couvre vos besoins cœur : factures conformes, livre des recettes, gestion des avoirs/acompte, suivi des statuts et exports propres pour votre comptable. C’est aussi un bon tremplin vers la e-facture (formats, statuts, archivage) sans complexité.
À noter : nous proposons un Pack auto-entrepreneur MY.Facturation pour démarrer avec des réglages adaptés (numérotation, mentions, modèles).
6) Plan d’action en 6 étapes (checklist micro-entreprise)
- Paramétrez votre numérotation, mentions et règles de TVA dans l’outil.
- Tenez votre livre des recettes et, si concerné, votre registre des achats.
- Émettez des factures complètes (pièces jointes, avoirs partiels si besoin).
- Suivez encaissements, relances et statuts pour éviter les impayés.
- Anticipez TVA et e-facture (tests de réception/émission avec un client pilote).
- Exportez régulièrement (CSV/Excel) pour votre cabinet comptable.
Ressources utiles
- Facturation électronique pour auto-entrepreneurs : ce qui change à partir de 2026
- TVA 25 000 € : comment anticiper quand vous approchez du seuil ?
- TVA à 25 000 € reportée à 2026 : ce qu’il faut savoir
FAQ — obligations comptables auto-entrepreneur
Faut-il une « vraie » comptabilité en micro-entreprise ?
La micro-entreprise bénéficie d’une comptabilité allégée, mais vous devez facturer correctement, tenir un livre des recettes, conserver vos pièces et, selon votre activité, un registre des achats. En pratique, un bon outil vous fait gagner du temps et fiabilise vos déclarations.
Que se passe-t-il si je dépasse le seuil de TVA ?
Vous devrez appliquer la TVA sur vos factures et l’indiquer clairement (taux, base, montant). Anticipez la bascule et vos paramétrages : TVA 25 000 € : comment anticiper quand vous approchez du seuil ? et TVA à 25 000 € reportée à 2026.
La facturation électronique s’applique-t-elle aux auto-entrepreneurs ?
Oui, la e-facture se généralise dans le B2B, y compris pour les micro-entreprises. Il faudra pouvoir émettre et recevoir des factures électroniques, poser des statuts et les archiver. Détails pratiques ici : auto-entrepreneurs et e-facture.
Conclusion
La comptabilité micro-entreprise repose sur des réflexes simples : des factures conformes, un suivi des recettes propre, l’anticipation TVA et la préparation à la e-facture. Un seul outil peut vous aider à tout centraliser.
